بعد الحرب حازت قصة ماكين على شهرة قومية فانضم إلى الكلية الحربية البحرية، وفي العام 1976 حصل على وظيفة ضابط اتصال بحري في مجلس الشيوخ الأميركي في خطوة ملهمة، حيث كون شعبية بين الشيوخ. وفي العام 1982، حصل على مقعد في مجلس النواب، وفي العام 1986 انتقل إلى مجلس الشيوخ حيث حصل على عضوية لجنة خدمات الجيش في المجلس.

في العام 1987 واجه ماكين أول تهديد لحياته السياسية، فقد اتهم مصرفي يدعى تشارلز كيتنغ، كان قد أسهم كثيرا في حملات ماكين، في قضية احتيال مصرفي كلفت دافع الضرائب الأميركي نحو ثلاثة بلايين دولار. ولكن ماكين نجا من الفضيحة السياسية، بأن أصبح، جزئيا، ودودا تجاه الصحافة السياسة؛ فبسلوكه الفظ أصبح ضيفا دائما على العروض الإخبارية في التلفزيون، وخاصة حين وقعت الحرب الأميركية العراقية في العام 1991.

بعد نجاته من الفضيحة المالية شن ماكين هجمات على التأثير المفسد للمال على السياسة الأميركية فأصبحت هذه قضيته المفضلة، وكان نجاحه الكبير على تلك الجبهة هو عنوان الحملة الانتخابية لماكين/فاينغولد والتي وضعت حدا للتبرعات المشتركة غير المنصوص عليها في اللوائح للأحزاب السياسية.

في العام 2000 نافس ماكين جورج بوش الإبن في السباق للترشح عن الجمهوريين، وبعد فوزه الساحق في نيوهامشير خرجت حملة ماكين عن مسارها في واحدة من أكثر الحملات قذارة في التاريخ الحديث- بما في ذلك إشاعات عن أن ماكين كان مريضا عقليا نتيجة أسره خلال حرب فييتنام، وأن له طفلا غير شرعي.

ولماكين مواقف معينة لا تتفق وأصولية الحزب، مثل مكافحة تأثير المال على السياسة، فهو يكره التعذيب ويعتبر إلغاء بوش للحريات المدنية ولاتفاقات جنيف أمرا مشينا.

ولكنه من الداعمين الأساسيين في الكونغرس لزيادة كبيرة للجنود المقاتلين في العراق، وفي الآونة الأخيرة صرح قائلا “إن الولايات المتحدة ستبقى في العراق مئة عام آخر.»