في ظل التسارع في الحديث عن مشروع الأقاليم من مكونات الدولة كافة، ميزّت جماعة الإخوان المسلمين نفسها، من خلال تحذيرها من مغبة أن تكون هناك أهداف غير معلومة في المشروع. الناطق باسم الجماعة جميل أبو بكر، تخوّف من إمكانية مشروع الأقاليم «غير المتبلور » بوصفه وسيلة للقفز على الإصلاح السياسي، واستنزاف جهود القوى الوطنية في «ملهاة » جديدة هدفها «الإشغال وكسب الوقت ». أبو بكر أعتبر أن مشروع الأقاليم «مبهم »، وحتى يستحق النقاش المعمق والاشتباكات الحوارية بين مختلف الجهات والأطراف، لا بد من إظهاره للعلن، والكشف عن مضامينه للرأي العام بمختلف مكوناته. هاجم الإخوان المسلمون بلسان الناطق باسمهم، التجارب السابقة للإصلاح، معتبرين أنها كانت «غير مشجعة »، وتؤكد «غياب إرادة جادة للإصلاح »، لافتاً إلى أن النتائج التي نجمت تشير إلى «تقهقر » الإصلاح.